Здание перестраивается в стиле эпохи Возрождения. Скульптурные изображения божеств, гениев Славы, Войны и Мира, военные атрибуты и трофеи, также, как и фриз, — созданы Жаном Гужоном, которого не зря называли французским Фидием.

Работы по украшению Лувра продолжил сын Франциска I, король Генрих II. При нем на фасаде Лувра появляется королевский вензель с короной. На некотором расстоянии от начальной буквы имени короля «Н» (Henri) изображения двух полумесяцев, расположенных таким образом, что если их приблизить к «Н», то получится или буква «С», или буква «D». Это начальные буквы двух женски имен, дорогих Генриху II: его жены Catherine, Екатерины Медичи, и возлюбленной Diane, Дианы де Пуатье.

В Малой галерее Лувра находится «окно Карла IX. Из этого окна, как предполагают, в ночь Святого Варфоломея, 23 августа 1572 года, король собственноручно стрелял в гугенотов. В эту ночь кровь потоками текла по ступеням дворца и стены Лувра были красными от пролитой крови.

Приглашенные во дворец, предварительно обезоруженные, гугеноты оказались в мышеловке — все выходы из Лувра были закрыты, и они были лишены возможности защищаться. В ужасе гугеноты бросились внутрь дворца, стараясь спастись от верной гибели. По собственному признанию Карла IX, всю жизнь его мучили кошмары - «эти искалеченные тела, эти обезображенные, покрытые кровью лица».

При Карле IX в Лувре был построен парк-зверинец. Его наследник Генрих III любил наблюдать из окон своих покоев кровавые бои животных, например львов с собаками-догами. Зверинец существовал в Лувре до того дня, пока Генриху III не приснился сон, что он будет растерзан животными. В тот же день король велел перестрелять животных, и с тех пор зверинца во дворце больше не стало.

В Лувре существует не только «окно Карла IX», но и «лестница Генриха IV». Смертельно раненного во время прогулки короля привезли в Лувр и положили у лестницы, на том месте, где сейчас вход в службы хранения музея. Король пришел в себя на несколько минут, ему дали глоток вина. Он открыл на секунду глаза, чтобы сразу же закрыть их навсегда.

В XVI веке вход в Лувр был разрешен всем — при непременном условии быть прилично одетым и обязательно передвигаться пешком. Верхом имели право въезжать только принцы крови, королевская семья въезжала верхом или в каретах.

В этом же веке нижний этаж Большой галереи был отдан под мастерские ремесленникам. Одно время там располагалась мануфактура гобеленов, там же был устроен Монетный двор, который посетил Петр I во время своего пребывания в Париже.