В Иссык-Куль впадает более 80 больших и маленьких рек, но естественного стока озеро не имеет, поэтому вода здесь несколько солоновата, хотя и пригодна для питья. Употреблять её постоянно не рекомендуется из-за высокого содержания фтора. Древние киргизы именовали водоём Туз-Куль — «солёное озеро».
Первым европейцем, который исследовал знаменитое озеро, был великий русский путешественник П. П. Семёнов-Тян-Шанский. «Тёмно-синяя поверхность Иссык-Куля своим сапфировым цветом может смело соперничать со столь же синей поверхностью Женевского озера», — писал он в своих путевых заметках. Ему вторил другой известный исследователь, Н. М. Пржевальский: «Это та же Швейцария, только лучше». Пржевальский был так очарован величественной и достигающей небес красотой этого дикого горного края, что завещал похоронить себя на берегу Иссык-Куля.
С незапамятных времён окрестности озера привлекают археологов и кладоискателей. Многие из них мечтают найти здесь настоящую могилу Чингисхана. Существует версия, что похороны великого завоевателя в Монголии были лишь имитацией, на самом же деле его тело в 1227 г. тайно отправили на Иссык-Куль и тут погребли вместе с несметными сокровищами.
Согласно другой легенде, армянские монахи и беженцы из окрестных городов, спасаясь от монголо-татарского нашествия, спрятали на дне озера и одной из впадающих в него рек многочисленные золотые и серебряные изделия, богатую церковную утварь.
Разыскивают здесь и затопленный армянский монастырь, где, по преданию, находились мощи апостола Матфея.
Название Иссык-Куль традиционно переводится как «горячее озеро», хотя некоторые исследователи считают, что оно происходит от древнетюркского Ыйык-Кёл — «священное озеро».
Обе трактовки имеют право на существование.
С озером Иссык-Куль связана легенда о том, как Тамерлан пересчитывал свое войско. Перед походом каждый взял камень и бросил в одну общую кучу, а возвращаясь, взял по камню из этой кучи и положил рядом. Первая гора камней оказалась гораздо больше второй, что повергло Тамерлана в печаль. С тех пор перевал восточнее Иссык-Куля носит название Санташ — «считанные камни».
