Болыпинство учёных считают Мачу-Пикчу священным городом. Здесь жили яфецы, ремесленники, высшая знать, особо доверенные слуги и мамакунас — избранные девственницы, посвятившие себя служению богу Солнца Инти. Из найденных тут 173 захоронений 150 — женские. Жители не бедствовали; есть теория, что чем богаче был инка, тем плотнее уложены камни его дома, а точность подгонки плит строений Мачу-Пикчу поражает исследователей. При этом инки не использовали скрепляющих веществ — камни держатся за счёт собственного веса.

Священная площадь была сакральным центром Мачу-Пикчу. От неё по длинной лестнице, вырубленной в гранитной скале, можно было подняться на вершину, где находился многоугольный камень интиуатана. Название это состоит из двух частей: «инти» — «Солнце» и «уата» — «привязывать», иными словами — «место, где привязано Солнце». Профессор Бингхем считал, что здесь жрецы «привязывали» светило во время зимнего солнцестояния, чтобы оно щедро согревало землю и помогало земледелию.

Камень мог служить и солнечной обсерваторией для определения оптимального времени начала сева или сбора урожая. В июне и декабре здесь устраивали пышные праздники Солнца — инти райми. Жители Мачу-Пикчу в течение нескольких дней проводили возле интиуатаны религиозные обряды, распевая гимны и украшая камень венками из цветов. Ещё одно возможное назначение камня — солнечные часы.

До сих пор Мачу-Пикчу окружён легендами. Говорят, что инки проектировали города в форме различных животных, и Мачу-Пикчу сверху напоминает своими очертаниями кондора — священную птицу Перу. Остаётся лишь гадать, кто мог видеть город с высоты в древние времена и как инкам удавалось контролировать планировку поселений без бумаги и письменности.